*-ميرزاى نورى (ره) در مستدرك مى نويسد: سيد مرتضى نجفى كه مرد عادل و با تقوا و مورد اعتمادى است و در اوائل عمرش شيخ جعفر را درك كرده بود به من گفت ، روزى شيخ جعفر براى نماز ظهر تاخير كرد و به مسجد نيامد ، مردم كه از آمدن شيخ نااميد شدند شروع كردند نماز را فرادى خواندن چيزى نگذشته بود كه شيخ وارد مسجد شد ، و با ناراحتى مردم را سرزنش كرد كه چرا نماز را فرادى مى خوانيد ؟ مگر يك نفرعادل بين شما نيست كه به او اقتدا كنيد ؟ سپس مومنى را ديد كه تا اندازه اى امكانات مالى نيز داشت نماز مى خواند ، فورا او به اقتدا كرده ، و به نماز ايستاد ، مردم كه شيخ را ديدند به آن مومن اقتدا كرده همه پشت سر او ايستادند و اقتدا كردند آن مومن بقدرى شرمنده شد كه نمى دانست چگونه نماز را تمام كند ، پس از اداى نماز ظهر كنار رفته به شيخ عرض كرد : بايد نماز عصر را خود جناب عالى امامت كنيد ، شيخ خوددارى كرد او اصرار نمود تا اينكه بالاخره شيخ گفت : حال كه اصرار مى كنى ، اگر پولى بدهى كه همين جا بر فقرا تقسيم كنيم از امامت تو صرفنظر مى كنيم آن مرد پذيرفت و دويست شامى كه ( پول رايج آن زمان بود ) به شيخ پرداخت و شيخ جعفر قبل از شروع به نماز عصر دستور داد فقرا را جمع كنند و همانطور پولها را بر آنها تقسيم نمود ، سپس به نماز ايستاد
*-از شخصيت بزرگي شنيدم كه روزي آيةاللّه شيخ جعفر شوشتري رحمهالله با جمعي از تجار و مؤمنين، در كاروان سرايي نشسته بودند. مردم مسائل مذهبي را از ايشان ميپرسيدند و شيخ پاسخ ميداد. ناگاه ديدند به يك باره حال شيخ دگرگون شده، شروع به گريست كرد. همه حاضران تعجب كردند كه گريه ايشان براي چيست. سرانجام يك نفر پرسيد: آقا گريه شما براي چيست؟ ايشان با دست به گوشهاي اشاره كرد كه در آنجا الاغي بود و تازه بار آن را به زمين گذاشته بود. سپس گفت: اين الاغ را ببينيد! من او را نگاه ميكردم؛ ديدم پس از بارگيري به من نگاه ميكند و با نگاه خود به ميگويد: اي شيخ! اي عالم و اي انسان! ديدي من چگونه بارم را به سلامت به منزل رساندم، آيا تو هم بار خويش را، يعني بار امانت را سالم به منزل رسانيدي؟ گريهام براي اين است كه يك حيوان چگونه ميتواند با سربلندي بارش را به منزل برساند؛ امّا من كه انسان هستم، نتوانم و در نتيجه، پيش مولايم سرشكسته باشم
*-از بزرگان شنيدهام كه آيةاللّه شيخ جعفر شوشتري رحمهالله روزي براي اقامه نماز جماعت به مسجد رفته بودند. يكي از مؤمنين مبلغي از وجوهات شرعيه به محضرشان تقديم داشت. معظم له بلافاصله اعلام فرمودند هر كه نيازمند است، از اين وجوه بردارد. نيازمندان از آن وجوه شرعيّه بهرهمند شدند. سپس سيدي با شتاب از راه رسيد. پس از فهميدن ماجرا، به محضر مرحوم شيخ شرفياب شد و عرض حاجت نمود. آقا با كمال ادب فرمودند: آقا سيّد متأسفانه شما دير تشريف آورديد، ديگر چيزي از آن پولها باقي نمانده است سيد از شنيدن اين سخن شديدا آزرده شد و با كمال جسارت و بيادبي، آب دهان خويش را به محاسن شيخ بزرگوار انداخت. با توجه به اين كه اين اهانت بسيار ناراحت كننده بود و اغماض از آن بسيار مشكل، حتي حاضران از مشاهده ماجرا بسيار متأثر و برآشته شدند و ميخواستد سيّد عاري از نزاكت را ادب كنند، ولي شيخ با كمال متانت از جا برخاست و نخست مردم را امر به خودداري و آرامش نمود، سپس دو گوشه دامنش را به دست گرفت و در بين صفوف جماعت به راه افتاد و فرمود هر كسي ريش شيخ را دوست ميدارد، به اين سيد كمك كند. مردم به احترام شيخ كمكهاي فراواني كردند و از حلم و تحمّل بزرگواي شيخ تعجب نمودند. شيخ تمام پولها را به سيد بخشيد و عذر خواهي نمود.(كم مباش از درخت سايه فكن***هر كه سنگت زند، ثمر بخشش)
